北京大学医学部有基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、公共教学部、第一临床医学院(北大医院)、第二临床医学院(人民医院)、第三临床医学院(北医三院)、口腔医学院、临床肿瘤学院(肿瘤医院)、精神卫生研究所(北医六院)、北京大学深圳医院、北京大学首钢医院、医学网络教育学院。另外，北京积水潭医院、北京医院、中日友好医院、北京世纪坛医院、中国航天中心医院、回龙观医院、中国民用航空总医院、首都儿科研究所、北京地坛医院、中国人民解放军302、306医院、京煤集团总医院、北京仁和医院也是医学部的临床医学院或教学医院。医学部内拥有教学楼、实验楼、图书馆、药学楼、公共卫生楼、医药分析中心、信息中心、电化教育中心、实验动物部、档案馆、出版社、体育馆等装备精良的教学、科研设施。

北京大学医学部学科齐全。截至2007年，医学部评估通过的重点学科包括生理学、神经生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、免疫学、病理学与病理生理学、内科学(心血管病)、内科学(血液病)、内科学(肾病)、儿科学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、外科学(骨外)、外科学(泌尿外)、妇产科学、眼科学、肿瘤学、运动医学、口腔临床医学、口腔基础医学、流行病与卫生统计学、药物化学、生药学、药理学等24个。

医学部有1个国家级重点实验室，11个省(部)级重点实验室。在全国医学院校中连续十余年获国家自然科学基金第一名，完成科研课题和所获各类科研基金以及在SCI及国内刊物上发表论文数量均名列全国医学院校首位。北京大学医学部与世界卫生组织(WHO)、联合国儿童基金会(UNICEF)、美国疾病控制中心、美国中华医学基金会(CMB)等国际组织保持着良好的合作关系，并与十几个国家和地区的20多所大学建立了良好的校际交流关系，先后聘请了70位世界著名学者为客座教授、名誉教授，其中3位是诺贝尔奖获得者。